旷工3天被工厂按自离处理，员工有权获取实际工作期间的工资。即便被认定为自离，工厂也无权克扣员工已付出劳动的报酬。
若工厂与员工签订的劳动合同明确约定“旷工3天视为自离”，且该条款不违反法律法规强制性规定，工厂可依据合同认定员工自离，但仍需结算员工实际出勤期间的工资。
若工厂规章制度规定“旷工3天视为自离”，且该制度经民主程序制定并向员工公示或告知，则该规定对员工有约束力，工厂可按此处理，但同样需支付员工实际工作天数的工资。
若工厂未与员工签订劳动合同，且规章制度未明确规定旷工3天视为自离，或规章制度未经过合法程序制定和公示，工厂单方面将员工按自离处理可能不合法。此时员工不仅有权获得实际工作期间的工资，还可就工厂违法解除劳动关系要求赔偿。
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旷工3天被工厂按自离处理，工资支付问题可依据相关法律法规分析。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条规定：“用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。”第三十条第一款规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”《工资支付暂行规定》第九条明确：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。”
在旷工3天被工厂按自离处理的情况下，员工实际为工厂提供了劳动，双方存在劳动关系，工厂有义务按劳动合同约定和国家规定支付员工实际出勤期间的劳动报酬。即便员工被工厂按自离处理，双方劳动关系解除，但员工在实际工作期间付出了劳动，工厂不能以自离为由拒付工资，应按员工实际出勤天数足额支付工资。因此，工厂需支付员工旷工前实际工作期间的工资。
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旷工3天被工厂按自离处理时，员工可能因操作不当影响工资权益。
1、不重视考勤证据收集：部分员工因认为自离后工资难讨要，便忽视收集考勤记录、工作凭证等，导致后续主张工资时无法证明实际出勤天数，影响工资追讨。
2、拒绝与工厂沟通协商：部分员工被工厂按自离处理后情绪激动，直接拒绝与工厂沟通，致使双方无法就工资支付问题协商，错失协商解决纠纷的机会。
3、超过仲裁时效才维权：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，有些员工被工厂按自离处理且未拿到工资后，未及时维权，超过仲裁时效，导致无法通过劳动仲裁主张工资权益。
若您在旷工3天被工厂按自离处理后遇到工资问题，欢迎随时咨询我，我会为您提供解答，避免因操作不当损害自身权益，我将为您提供有效的法律指导和帮助。
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旷工3天被工厂按自离处理时，存在一些特殊情况或例外情形会影响工资处理。
1、工厂规章制度未依法制定或公示。若工厂关于“旷工3天视为自离”的规章制度未经过民主程序制定，或未向员工公示或告知，则该制度对员工不具有约束力，工厂单方面将员工按自离处理不合法。此时员工不仅有权获得实际工作期间的工资，还可要求工厂支付违法解除劳动关系的赔偿金。
2、员工旷工是因不可抗力或紧急情况。若员工旷工3天是由于不可抗力（如地震、洪水等自然灾害）或紧急情况（如突发疾病需立即就医、家庭成员发生重大意外等），且员工能提供相关证明，工厂不能简单将员工按自离处理，应与员工协商解决，员工仍有权获得实际工作期间的工资。
3、双方曾就旷工及工资问题有特殊约定。若员工与工厂在劳动合同中或通过其他书面形式就旷工处理及工资支付问题有特殊约定，且该约定不违反法律法规强制性规定，则应按双方特殊约定处理工资问题。例如，双方约定员工旷工3天按自离处理，但工厂需在员工办理离职手续后15日内支付工资，此时工厂应遵守该约定。

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